В 1819–1821 годах Русская Южно-Полярная экспедиция на борту шлюпов «Восток» и «Мирный» под командованием Фаддея Беллинсгаузена и Михаила Лазарева несколько раз подходила к берегам неизвестного ледяного континента. Следующий рейс отечественных моряков в Антарктику состоялся 145 лет спустя, когда в 1946 году суда китобойной флотилии «Слава» начали ежегодные операции. В сезоне 1947–1948 годов в рейсах флотилии стали принимать участие ученые, которые проводили океанографические, метеорологические и гидробиологические исследования вод Южного океана.
В июле 1955 года была создана Комплексная антарктическая экспедиция (КАЭ) Академии наук СССР, в задачи которой входили подготовка и реализация исследовательских программ в рамках Международного геофизического года (МГГ) 1957–1958 годов. В последующие годы экспедиция несколько раз меняла свое название, а с 7 августа 1992 года стала называться Российской антарктической экспедицией (РАЭ).
В работе экспедиции принимали участие специалисты из разных министерств и ведомств СССР и Российской Федерации. На первых этапах это были Академия наук СССР, Министерство геологии СССР, Главное управление Северного морского пути Министерства морского флота СССР, Главное управление гидрометеорологической службы при Совете Министров СССР, Главное управление геодезии и картографии при Совете Министров СССР и Министерство обороны СССР. В последующие годы к работам подключились специалисты Министерства образования СССР и Министерства рыболовства СССР.
Начиная с 1963 года организовывать и проводить советские антарктические экспедиции было поручено Главному управлению Гидрометеорологической службы при Совете Министров СССР, в состав которой в то время входил Арктический и антарктический научно-исследовательский институт. Созданный в 1920 году тогда еще Арктический научно-исследовательский институт (АНИИ) проводил антарктические исследования с 1957 года после создания отдела антарктических исследований. 25 июня 1958 года АНИИ был преобразован в Арктический и антарктический научно-исследовательский институт (ААНИИ), где в том же году для подготовки, планирования и организации последующих экспедиций было создано специальное логистическое подразделение – ныне Логистический центр РАЭ.
Постановлением Правительства РФ от 8 октября 2012 года №1872-р ААНИИ был присвоен статус государственного оператора в Антарктике.
Вся деятельность экспедиции может быть разделена на три этапа:
- рекогносцировочные исследования – изучение основных особенностей природной среды Антарктики и закономерностей процессов, протекающих в ней (1956 – конец 1960-х годов);
- оценка и изучение природных (биологических и минеральных) ресурсов Антарктики – переход от чисто познавательного научного интереса к практической ресурсной отдаче региона (конец 1960-х – начало 1990-х годов);
- изучение роли Антарктики в глобальных климатических и социальных изменениях (с начала 1990-х годов и до настоящего времени).
Действующие российские антарктические станции – Беллинсгаузен, Восток, Мирный, Новолазаревская, Прогресс. Сезонные полевые базы – Дружная-4, Ленинградская, Молодежная, Оазис Бангера, Русская.
Материально-техническое снабжение антарктических станций и полевых баз, смена зимовочного и доставка сезонного персонала в Антарктику и обратно осуществляются научно-экспедиционными судами (НЭС) «Академик Федоров» и «Академик Трёшников», с помощью межконтинентальных авиационных рейсов из Кейптауна (ЮАР) на ледовые аэродромы станций Новолазаревская и Прогресс (самолет Ил-76ТД). Снабжение внутриконтинентальной станции Восток осуществляется со станции Прогресс санно-гусеничными походами и самолетами на лыжном шасси Basler BT-67.
Морские геофизические исследования проводятся с использованием научно-исследовательского судна «Академик Александр Карпинский», принадлежащего Полярной морской геологоразведочной экспедиции Федерального агентства по недропользованию.
Численность зимовочного и сезонного персонала экспедиции без учета экипажей морских и воздушных судов определяется Правительством РФ и составляет 125 и 120 человек, соответственно.
Деятельность РАЭ финансируется из федерального бюджета Российской Федерации.